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mise en évidence de la zone de contact entre Anticorps

dimanche 23 novembre 2014 [ télécharger l'article au format PDF]

Matériel

- Logiciel Rastop (Visualisation de modèle de molécule) + Fiche technique.
- Fichier anticorps_gp24.pdb et IGG_total.pdb.

Principe

Visualiser la zone de contact entre un anticorps et son antigène, pour cela Modifier l’affichage d’un modèle 3D d’un anticorps (seulement le fragment Fab) et de l’antigène fixé, pour mettre en évidence la zone de contact. Donc sélectionner l’antigène puis colorer en partant de là...

Protocole

  • Pour identifier les chaines de l’anticorps (partie Fab + Fc),
    1. Ouvrir le fichier, IGGTOTAL.pdb
    2. Cliquer sur le bouton pour afficher en sphères
    3. Dans le menu « Atomes », choisir l’option « Colorer par » puis « Chaînes »

- En faisant abstraction de la chaine rouge, combien y’a-t-il de chaines ?

  • Sans fermer, Ouvrir anticorps-gp24.pdb, recommencer les étapes 1,2 et 3. En bleue, l’antigène (GP24), en vert chaine légère (L) et en rouge chaine lourde (H). Pour voir les 2 fenêtres, menu fenêtres>mosaïque verticale. Lorsque vous avez bien fait la correspondance, fermer IGGTOTAL et agrandir anticorps-GP24.pdb. (Fragment Fab)

Pour mettre en évidence la Zone de contact entre anticorps et antigène (=site antigénique). Il faut un modèle raccourci, l’anticorps anti GP24, présente le fragment Fab de cet anticorps lié avec son antigène (P24). Attention en cliquant on vous propose un fichier.zip, enregistrez le, renommer en .pdb, ou essayez de l’ouvrir directement.

Rastop ne possède pas la capacité d’afficher une surface, ni de colorer automatiquement en fonction de la distance à un groupe d’atomes. On peut toutefois approcher le même effet en réalisant un traitement récursif de coloration par une sélection des atomes à des distances de plus en plus proches de l’antigène. (voir ce modèle->)
Fab et Ag {PNG}
1. Cliquer sur le bouton (sélectionner tout)

2. Cliquer sur le bouton pour afficher le modèle en sphères
(pour la suite prendre la fiche technique, ou site pour aide de Rastop)
3. Cliquer sur le bouton pour activer la palette de couleur
4. Choisir une couleur pour le modèle
5. Cliquer sur le bouton sélection chaine et cliquer sur la chaîne correspondant à l’antigène afin de la sélectionner, ou fenetre d’édition
et taper *A
6. Dans le menu « Éditer », choisir l’option « Sélectionner… », puis « Distant de… »
7. Taper une distance de 2000
8. Choisir une couleur pour débuter le dégradé (marron)
9. Cliquer sur le bouton pour revenir à la sélection précédente

10. Répéter les étapes 6 à 9 pour des distances de 1750, 1500, 1250, 1000, 750, 500 (rouge, rouge clair, rose, orange, jaune, jaune très clair...)
11. Sélectionner l’Ag (P24) en tapant *A dans la fenetre d’édition. Cliquer sur le bouton fil de fer pour afficher le P24 (l’antigène) en fils de fer et choisir une autre couleur pour celui-ci. Colorer le fond en blanc. Imprimer.
PNG


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